L'Epifisi costituisce un piccolo organo endocrino di forma ovoidale o conica; è unita da un breve peduncolo alla parte dorsale del diencefalo. Di colore bruno-rossastro, l'organo appare avvolto da una capsula connettivale, dalla quale si staccano sepimenti che suddividono il parenchima in lobuli.
In ciascun lobulo si possono trovare:

• cellule aventi carattere epiteliale, dette capsule principali o pinealociti,
• elementi di nevroglia;
• piccole formazioni vescicolari rivestite da epitelio;
• concrezioni calcaree, gli arcevuli o sabbia cerebrale.

L'ormone principale (la melatonina), esplica la sua azione favorendo la depigmentazione della pelle; agisce inoltre sulla produzione degli ormoni gonadotropi ipofisari inibendo lo sviluppo delle gonadi.