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La variabilità genetica dei virus

Ricombinazione e mutazioni
I virus sono organismi extracellulari che non possono riprodursi senza l'ausilio di una cellula ospite. La loro moltiplicazione è infatti strettamente correlata all'infezione di una cellula e all'utilizzo dei suoi meccanismi proteosintetici per la costruzione di nuove entità virali: i virioni. Per questo motivo, a differenza di quanto avviene in tutte le altre cellule, i virus non hanno fenomeni né di mitosi (riproduzione cellulare asessuata) né di meiosi (riproduzione cellulare sessuata).
Tuttavia la progenie è geneticamente diversa dalla linea parentale e questo lascia pensare che, nella replicazione, le particelle virali possono cambiare il loro corredo genetico.

Quali sono le modificazioni genetiche casuali?
In una cellula eucariotica, il cui corredo genetico è costituito da DNA, in fase di divisione mitotica l'informazione genetica viene riprodotta grazie a complessi meccanismi di srotolamento della doppia elica e di trascrizione, mediante DNA-polimerasi, di filamenti complementari.

La doppia elica, in altre parole, si divide in due filamenti e da ognuno viene creato un nuovo filamento. In questo modo l'informazione genetica viene distribuita su due nuove catene che hanno uno stampo vecchio ed uno nuovo. Il processo è complesso e può creare ambiguità nei filamenti neoprodotti in quanto, ad esempio, alcuni nucleotidi possono essere eliminato o trascritti male. La cellula eucariotica, pertanto, può di per sé avere modificazioni genetiche involontarie o causate da fattori esterni (radiazioni, agenti chimici, agenti fisici).
L'infezione virale necessita di ancora più passaggi rispetto e, per ogni passaggio, è possibile un evento mutativo del corredo genetico. Si prenda ad esempio il virus dell'HIV, agente eziologico dell'AIDS, e si consideri i passaggi che il genoma virale deve fare per poter replicare copie di se stesso coadiuvato dai fattori e dagli apparati presenti nella cellula ospite:
Il primo passo, dopo la penetrazione, consiste nella traduzione dell'RNA virale, di tipo ss-RNA(-), a ds-DNA ad opera di un enzima chiamato trascrittasi inversa.
Successivamente il genoma tradotto viene inserito nella catena di DNA della cellula ospite. Durante la sintesi proteica, usando i ribosomi presenti nella cellula, avviene la creazione dei precursori del virus.
Nel citoplasma cellulare i precursori vengono assemblati a formare nuovi virioni.
I virioni fuoriescono dalla cellula per gemmazione, assimilando parte della membrana, e sono pronti a infettare nuove cellule.
Tutti questi processi sono sensibili a modificazioni volontarie della sintesi, ad opera dei meccanismi di difesa della cellula, oppure ad errori involontari. Per questo motivo il virione può essere geneticamente, e strutturalmente, diverso dalla partecella virale progenitrice.

Gli eventi di ricombinazione
La ricombinazione virale avviene quando due, o più, virus coesistono contemporaneamente nella stessa cellula e scambiano pezzi del loro corredo genetico. Sebbene apparteneti alla stessa famiglia, per i motivi elencati nel paragrafo 'Modificazioni genetiche casuali' i virus possono avere condizioni geniche differenti. Scambiare pezzi di informazione genetica, proprio come avviene nel crossing-over della meiosi eucariotica, comporta una ulteriore variabilità per il virione.

Le modificazioni e il fenotipo
Se la modificazione genica è profonda allora può succedere che cambia il fenotipo del virus. Il fenotipo, che è la manifestazione dei tratti "somatici" ovvero visibili di un determinato organismo, in linea teorica cambia perché il DNA modificato codifica per una struttura proteica (capside) differente da quella parentale. Le conseguenze per l'organismo sono spesso serie proprio perché, ad ogni replicazione, il virus assume nuove forme e il sistema immunitario non avendo  specifiche deve, di volta in volta, scaturire reazioni primarie che sono lente e poco efficienti. Le modificazioni fenotipiche, o sierotipiche,  sono esemplari nei processi di antigenic shift degli orthomyxovirus.

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